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公司介绍

Sentieon致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率，准确度，和可靠性。

公司成立于2014年7月，总部位于美国硅谷的山景城(Mountain View)。团队成员具有多年的信号处理，大规模数据挖掘，和高性能计算的经验。Sentieon为来自于分子诊断，药物研发，临床医疗等多个领域的合作伙伴和科研机构提供软件解决方案，共同推动基因技术的发展，实现“成就精准数据，服务精准医疗“的愿景。

业内痛点

目前，针对二代测序数据的二次分析（SNP/ Indel 变异检测），BWA+GATK 最佳实践流程，经过十多年大量样本的反复验证，得到了业界的广泛认可，是公认的金标准。

但是，BWA + GATK 流程也有几个显著的问题。第一，流程运行时间长，资源利用率低，计算成本高。第二，GATK在高测序深度区域的随机降采样，会影响变异检测的灵敏度和准确度，尤其是肿瘤的低丰度（VAF）变异，同时造成重复运行时结果的不一致性。

Sentieon解决方案

Sentieon推出了从比对到变异检测的完整的二次分析的纯软件解决方案，可用于胚系突变检测和体细胞突变检测。Sentieon软件忠实地实现了BWA/GATK/MuTect/MuTect2金标准的数学模型，在保证结果完全匹配金标准的前提下，软件运行效率提升10倍以上。

获奖情况

Sentieon 2015年正式推出软件产品以来，多次赢得国际生信大赛的第一名或并列第一名。

· 2016 PrecisionFDA Truth Challenge

· 2016 PrecisionFDA Consistency Challenge

· 2016 ICGC-TCGA-DREAM Somatic Mutation Calling Challenge

· 2017 PrecisionFDA Hidden Treasures - Warm Up

· 2018 PrecisionFDA NCI-CPTAC Multi-omics Enabled Sample Mislabeling Correction Challenge, both subchallenge1 and subchallenge2

· 2019 Bio-IT Innovative Practices Awards

业界认可

Sentieon软件已被上百家公司和科研机构广泛认证和使用，包括：

· 全世界多家大型跨国制药公司，测序服务提供商，分子诊断公司。

· 医院和医疗研究机构，包括由美国15家大型医院和药厂牵头的Orien 项目

· 政府机构：包括美国药监局，国家卫生局，国家癌症研究所等。

· 学校和科研机构：包括美国哈佛、耶鲁、斯坦福、康奈尔，中国中科院、协和医学院、复旦大学、上海交大、中山大学等。

迄今为止，Sentieon软件已经运行处理超过40 PB的数据量，上百万样本，共计超过1亿核时，并在包括NEJM，Cell，Nature等世界一级影响因子的刊物上被多次引用。

我们下面详细介绍一下，Sentieon作为纯软件二次分析加速方案，具有哪些优势。

功能亮点

纯软方案：可高效、灵活部署在不同计算环境上。无需特殊硬件，降低运营维护成本。

适用场景

作为业界标准的BWA/GATK/Mutect2流程的加速替换，Sentieon软件业同样适用于跨基础科研，转化医学，临床等多个领域的各个研究和应用方向。以下列出部分适用场景。

功能模块

Sentieon软件的使用非常灵活。用户可以直接使用完整流程，也可以根据具体需要单独调用相关模块去替换原流程中的模块。Sentieon模块的输入输出文件都尽量符合业界使用习惯，降低使用难度。下表中就是目前Sentieon可以提供给客户使用的模块以及具体功能。